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Bio-Chado-Schema

This Release Bio-Chado-Schema-0.10010  [Download] [Browse]  08 Nov 2011
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Repository http://github.com/solgenomics/bio-chado-schema - Website
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License The Perl 5 License (Artistic 1 & GPL 1)
Special Files
Changes
LICENSE
 MANIFEST
META.json
 Makefile.PL
README

Modules

Bio::Chado::Schema A standard DBIx::Class layer for the Chado database schema.     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLine     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineCvterm     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineCvtermprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineDbxref     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineFeature     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineLibrary     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLinePub     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineRelationship     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineSynonym     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLinepropPub     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Companalysis::Analysis     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Companalysis::Analysisfeature     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Companalysis::Analysisfeatureprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Companalysis::Analysisprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::AllFeatureNames     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::Dfeatureloc     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FLoc     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FType     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureContains     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureDifference     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureDisjoint featurelocs do not meet. symmetric     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureDistance     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureIntersection     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureMeets     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureMeetsOnSameStrand     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureUnion     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeaturesetMeets     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FnrType     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FpKey     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::Gff3atts     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::Gff3view     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::Gffatts     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Contact::Contact Model persons, institutes, groups, organizations, etc.     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Contact::ContactRelationship Model relationships between contacts     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Chadoprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CommonAncestorCvterm     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CommonDescendantCvterm     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cv     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvCvtermCount per-cv terms counts (excludes obsoletes)     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvCvtermCountWithObs per-cv terms counts (includes obsoletes)     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvLeaf     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvLinkCount     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvPathCount     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvRoot     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cvprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cvterm     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvtermDbxref     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvtermRelationship     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cvtermpath     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cvtermprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cvtermsynonym     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Dbxrefprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::StatsPathsToRoot     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Expression::Eimage     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Expression::Expression The expression table is essentially a bridge table.     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Expression::ExpressionCvterm     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Expression::ExpressionCvtermprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Expression::ExpressionImage     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Expression::ExpressionPub     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Expression::Expressionprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Expression::FeatureExpression     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Expression::FeatureExpressionprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::General::Db     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::General::DbDbxrefCount per-db dbxref counts     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::General::Dbxref     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::General::Tableinfo     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::Environment The environmental component of a phenotype description.     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::EnvironmentCvterm     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::FeatureGenotype     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::Genotype     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::Genotypeprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::Phendesc     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::PhenotypeComparison     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::PhenotypeComparisonCvterm     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::Phenstatement     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Library::Library     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Library::LibraryCvterm     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Library::LibraryDbxref     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Library::LibraryFeature     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Library::LibraryPub     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Library::LibrarySynonym     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Library::Libraryprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Library::LibrarypropPub     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Acquisition     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::AcquisitionRelationship     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Acquisitionprop Parameters associated with image acquisition.     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Arraydesign     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Arraydesignprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Assay     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::AssayBiomaterial     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::AssayProject Link assays to projects.     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Assayprop Extra assay properties that are not accounted for in assay.     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Biomaterial     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::BiomaterialDbxref     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::BiomaterialRelationship     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::BiomaterialTreatment     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Biomaterialprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Channel     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Control     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Element     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::ElementRelationship     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Elementresult     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::ElementresultRelationship     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Magedocumentation     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Mageml     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Protocol Procedural notes on how data was prepared and processed.     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Protocolparam     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Quantification     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::QuantificationRelationship     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Quantificationprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Study     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::StudyAssay     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Studydesign     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Studydesignprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Studyfactor     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Studyfactorvalue     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Studyprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::StudypropFeature     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Treatment     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Map::Featuremap     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Map::FeaturemapPub     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Map::Featurepos     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Map::Featurerange     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperiment     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentContact     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentDbxref Cross-reference experiment to accessions, images, etc     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentGenotype     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentPhenotype     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentProject     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentProtocol Linking table: experiments to the protocols they involve.     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentPub Linking nd_experiment(s) to publication(s)     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentStock     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentStockDbxref Cross-reference experiment_stock to accessions, images, etc     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentStockprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdGeolocation     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdGeolocationprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdProtocol     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdProtocolReagent     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdProtocolprop Property/value associations for protocol.     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdReagent     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdReagentRelationship     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdReagentprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Organism::Organism     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Organism::OrganismDbxref     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Organism::Organismprop Tag-value properties - follows standard chado model.     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Phenotype::FeaturePhenotype     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Phenotype::Phenotype     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Phenotype::PhenotypeCvterm     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Phenotype::Phenotypeprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::Phylonode     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::PhylonodeDbxref     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::PhylonodeOrganism     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::PhylonodePub     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::PhylonodeRelationship     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::Phylonodeprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::Phylotree Global anchor for phylogenetic tree.     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::PhylotreePub     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Project::Project     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Project::ProjectContact Linking project(s) to contact(s)     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Project::ProjectPub Linking project(s) to publication(s)     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Project::ProjectRelationship A project can be composed of several smaller scale projects     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Project::Projectprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Pub::Pub     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Pub::PubDbxref     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Pub::PubRelationship     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Pub::Pubauthor     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Pub::Pubprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::Cvtermsynonym     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::Feature     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureCvterm     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureCvtermDbxref     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureCvtermPub     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureCvtermprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureDbxref     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeaturePub     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeaturePubprop Property or attribute of a feature_pub link.     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureRelationship     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureRelationshipPub     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureRelationshipprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureRelationshippropPub Provenance for feature_relationshipprop.     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureSynonym Linking table between feature and synonym.     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::Featureloc     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeaturelocPub     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::Featureprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeaturepropPub     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::IntronCombinedView     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::IntronlocView     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::ProteinCodingGene     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::Synonym     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::TypeFeatureCount per-feature-type feature counts     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::Stock     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockCvterm     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockCvtermprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockDbxref     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockDbxrefprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockGenotype     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockPub     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockRelationship     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockRelationshipCvterm     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockRelationshipPub     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::Stockcollection     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockcollectionStock     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::Stockcollectionprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::Stockprop     0.10010
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockpropPub     0.10010
Bio::Chado::Schema::Test Library to be used by Bio::Chado::Schema test scripts.     0.10010
Bio::Chado::Schema::Util utility functions shared by Bio::Chado::Schema objects     0.10010

Documentation

Bio::Chado::Schema::Result::CellLine For describing cell lines  
Bio::Chado::Schema::Result::Companalysis Augments sequence module with descriptions of computational analyses and features resulting from those analyses  
Bio::Chado::Schema::Result::Composite A collection of bridge codes that have multiple dependancies so they don't happily go where is most obvious  
Bio::Chado::Schema::Result::Contact model persons, institutes, groups, organizations, etc  
Bio::Chado::Schema::Result::Cv Controlled vocabularies and ontologies  
Bio::Chado::Schema::Result::Expression transcript or protein expression data  
Bio::Chado::Schema::Result::General General purpose tables, including dbxrefs  
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic Genotypes and mutant alleles  
Bio::Chado::Schema::Result::Library For describing molecular libraries  
Bio::Chado::Schema::Result::Mage Alternative expression module, based on MAGE model  
Bio::Chado::Schema::Result::Map Non-sequence maps: genetic, radiation hybrid, cytogenetic, etc  
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity Natural diversity module for dealing with populations, samples, genotypes, phenotypes and results of other assays.  
Bio::Chado::Schema::Result::Organism Species data - does not include phylogeny  
Bio::Chado::Schema::Result::Phenotype Entity-attribute-value phenotypic character descriptions  
Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny For representing phylogenetic trees; the trees represent the phylogeny of some some kind of sequence feature (mainly proteins) or actual organism taxonomy trees  
Bio::Chado::Schema::Result::Project The project table has been moved from general to its own module and has been expanded to provide properties, publications and contacts.  
Bio::Chado::Schema::Result::Pub Bibliographic data on publications  
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence Sequence and sequence features, their localization and properties  
Bio::Chado::Schema::Result::Stock For tracking stock collections  
update_dbic_dump.pl developer-only maintenance script to sync this DBIx::Class object layer with the latest upstream version of Chado  

Other Files

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doc/slides/dbic_intro/template/tt2/bottom.html
doc/slides/dbic_intro/template/tt2/index.html
doc/slides/dbic_intro/template/tt2/slide.html
doc/slides/dbic_intro/template/tt2/start.html
doc/slides/dbic_intro/template/tt2/top.html
 doc/slides/intro/slides/start.html
doc/slides/intro/slides/template/s5/s5.html
doc/slides/intro/slides/template/s5/slide.html
doc/slides/intro/template/tt2/bottom.html
doc/slides/intro/template/tt2/index.html
doc/slides/intro/template/tt2/slide.html
doc/slides/intro/template/tt2/start.html
doc/slides/intro/template/tt2/top.html
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