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Ewan Birney > bioperl-run

bioperl-run

This Release bioperl-run-1.4  [Download] [Browse]  22 Dec 2003
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License Unknown
Special Files
AUTHORS
Changes
 MANIFEST
Makefile.PL
 README

Modules

Bio::Factory::EMBOSS EMBOSS appliaction factory class     
Bio::Tools::Run::Alignment::Blat      
Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw Object for the calculation of a multiple sequence alignment from a set of unaligned sequences or alignments using the Clustalw program     
Bio::Tools::Run::Alignment::DBA Object for the alignment of two sequences using the DNA Block Aligner program.     
Bio::Tools::Run::Alignment::Lagan Object for the local execution of the LAGAN suite of tools (including MLAGAN for multiple sequence alignments)     
Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4 Wrapper for Sim4 program that allows for alignment of cdna to genomic sequences     
Bio::Tools::Run::Alignment::StandAloneFasta Object for the local execution of the Fasta3 programs ((t)fasta3, (t)fastx3, (t)fasty3 ssearch3)     
Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee Object for the calculation of a multiple sequence alignment from a set of unaligned sequences or alignments using the TCoffee program     
Bio::Tools::Run::Analysis Module representing any (remote or local) analysis tool     
Bio::Tools::Run::Analysis::soap A SOAP-based access to the analysis tools     
Bio::Tools::Run::AnalysisFactory A directory of analysis tools     
Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::Pise A class to create Pise application objects.     
Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::soap A SOAP-based access to the list of analysis tools     
Bio::Tools::Run::Coil      
Bio::Tools::Run::EMBOSSApplication class for EMBOSS Applications     
Bio::Tools::Run::EMBOSSacd class for EMBOSS Application qualifiers     
Bio::Tools::Run::Eponine Object for execution of the Eponine which is a mammalian TSS predictor     
Bio::Tools::Run::FootPrinter Wrapper for FootPrinter Program     
Bio::Tools::Run::Genewise Object for predicting genes in a given sequence given a protein     
Bio::Tools::Run::Genscan Object for identifying genes in a given sequence given a matrix(for appropriate organisms).     
Bio::Tools::Run::Hmmer Wrapper for local execution of hmmsearch ,hmmbuild, hmmcalibrate, hmmalign, hmmpfam     
Bio::Tools::Run::Hmmpfam      
Bio::Tools::Run::Mdust Perl extension for Mdust nucleotide filtering     
Bio::Tools::Run::Phylo::Molphy::ProtML A wrapper for the Molphy pkg app ProtML     
Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Codeml Wrapper aroud the PAML program codeml     
Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Yn00 Wrapper aroud the PAML program yn00     
Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Base Base object for Phylip modules     
Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense Wrapper for the phylip program Consense     
Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::DrawGram use Phylip DrawTree program to draw phylograms or phenograms     
Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::DrawTree use Phylip DrawTree program to draw trees     
Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor Wrapper for the phylip program neighbor by Joseph Felsenstein for creating a phylogenetic tree(either through Neighbor or UPGMA) based on protein distances based on amino substitution rate.     
Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::PhylipConf      
Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtDist Wrapper for the phylip program protdist     
Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtPars Object for creating a Bio::Tree object from a multiple alignment file or a SimpleAlign object     
Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot Wrapper for the phylip program SeqBoot     
Bio::Tools::Run::PiseApplication A class manage Pise programs information, configuring parameters and submit jobs.     
Bio::Tools::Run::PiseApplication::CSR      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::Puzzle      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::abiview      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::addquart      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::align2model      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::alistat      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::antigenic      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::assp      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::backtranseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::bambe      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::banana      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::bionj      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::biosed      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::bl2seq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::blast2      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::blimps      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::blimps_block      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::blimps_matrix      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::boxshade      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::btwisted      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::cai      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::cap      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::cds      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::chaos      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::charge      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::checktrans      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::chips      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::cirdna      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::clique      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::clustalw      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::clustalw_convert      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::codcmp      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::coderet      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::codnocod      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::codontree      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::codonw      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::comalign      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::combat      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::compseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::con_filter      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::confmat      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::cons      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::consense      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::consensus      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::cpgplot      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::cpgreport      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::cusp      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::cutseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::dan      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::dca      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::decorate      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::degapseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::descseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::dialign2      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::diffseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::digest      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::distmat      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::distquart      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::dnadist      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::dnapars      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::dollop      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::domainer      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::dotmatcher      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::dotpath      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::dottup      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::drawgram      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::drawpyr      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::drawtree      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::dreg      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::druid      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::dsc      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::dssp      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::einverted      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::emma      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::emowse      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::environ      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::eprimer3      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::equicktandem      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::est2genome      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::etandem      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::extractfeat      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::extractseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::fasta      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::fastdnaml      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::fastrna      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::filtersites      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::findkm      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::fitch      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::fmtseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::freak      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::fuzznuc      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::fuzzpro      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::fuzztran      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::gb2xml      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::geecee      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::genscan      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::getblock      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::getorf      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::gff2ps      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::gibbs      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::gibbs_scan      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::golden      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::grailclnt      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::gruppi      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::helixturnhelix      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::hmmalign      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::hmmbuild      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::hmmcalibrate      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::hmmconvert      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::hmmemit      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::hmmer2sam      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::hmmfetch      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::hmmpfam      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::hmmscore      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::hmmsearch      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::hmoment      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::homology      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::html4blast      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::iep      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::infoalign      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::infoseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::interface      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::isochore      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::kitsch      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::lassap      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::lgicsearch      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::lindna      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::listor      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::loadseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::lvb      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::makehist      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::map      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::marscan      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::maskfeat      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::maskseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::matcher      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::megamerger      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::melting      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::merger      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::mfold      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::mix      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::modelfromalign      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::most      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::mreps      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::msa      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::msbar      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::mspcrunch      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::mview_alig      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::mview_blast      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::mwfilter      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::needle      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::neighbor      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::newcpgreport      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::newcpgseek      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::newseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::njdist      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::nnssp      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::notseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::nrscope      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::nthseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::octanol      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::oddcomp      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::palindrome      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::pam      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::parciquart      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::pars      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::pasteseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::patmatdb      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::patmatmotifs      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::patser      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::pdbsearch      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::pepcoil      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::pepinfo      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::pepnet      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::pepstats      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::pepwheel      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::pepwindow      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::pepwindowall      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::pestfind      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::pftools      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::phiblast      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::pima      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::plotcon      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::plotorf      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::plsearch      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::polydot      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::pratt      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::predator      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::preg      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::prettyalign      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::prettyplot      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::prettyseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::primersearch      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::primo      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::prodom      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::profit      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::prophecy      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::prophet      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::prose      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::prot_nucml      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::protal2dna      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::protdist      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::protpars      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::pscan      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::psiblast      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::psort2      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::pyramids      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::pyreval      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::qstar      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::quicktree      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::readnexus      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::readseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::recoder      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::redata      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::remap      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::repeats      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::restover      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::restrict      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::revseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::rnadistance      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::rnaeval      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::rnafold      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::rnaga      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::rnaheat      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::rnainverse      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::rnapdist      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::rnasubopt      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::sam2hmmer      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::sampleseqs      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::saps      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::satellites      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::scan_for_matches      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::scope      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::scopparse      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::seqboot      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::seqgen      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::seqmatchall      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::seqsblast      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::seqstat      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::showalign      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::showfeat      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::showorf      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::showseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::shuffleseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::sigcleave      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::siggen      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::sigscan      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::silent      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::sirna      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::splitter      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::sreformat      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::stretcher      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::stride      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::stssearch      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::supermatcher      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::syco      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::tacg      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::tfscan      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::tipdate      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::tmap      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::toppred      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::tranalign      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::transeq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::treealign      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::trimest      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::trimseq      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::trnascan      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::twofeat      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::unroot      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::vectorstrip      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::water      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::weighbor      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::whichdb      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::wise2      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::wobble      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::wordcount      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::wordmatch      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::wublast2      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::xblast      
Bio::Tools::Run::PiseApplication::xpound      
Bio::Tools::Run::PiseJob A class to manage Pise jobs.    1.0
Bio::Tools::Run::PiseJobParser A class to parse a Pise server XHTML output.     
Bio::Tools::Run::PiseWorkflow     1.0
Bio::Tools::Run::Primate      
Bio::Tools::Run::Primer3 Create input for and work with the output from the program primer3     
Bio::Tools::Run::Prints      
Bio::Tools::Run::Profile      
Bio::Tools::Run::Promoterwise Wrapper for aligning two sequences using promoterwise     
Bio::Tools::Run::Pseudowise Object for prediting pseudogenes in a given sequence given a protein and a cdna sequence     
Bio::Tools::Run::RepeatMasker Wrapper for RepeatMasker Program     
Bio::Tools::Run::Seg Object for identifying low complexity regions in a given protein seequence.     
Bio::Tools::Run::Signalp      
Bio::Tools::Run::Tmhmm Object for identifying transmembrane helixes in a given protein seequence.     
Bio::Tools::Run::TribeMCL      
Bio::Tools::Run::Vista      

Documentation

Bio::Tools::Run::Blat  
Wrapper for Primate, Guy Slater's near exact match finder for short sequence tags. 
analysis.pl An example/tutorial script how to access analysis tools 
papplmaker Analysis tools module generator 
run_neighbor run Phylip's 'neighbor' program through Bioperl 
59521 Uploads, 19100 Distributions 76077 Modules, 7829 Uploaders
hosted by weblocal.ca
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