The Perl Toolchain Summit needs more sponsors. If your company depends on Perl, please support this very important event.
CJFIELDS / BioPerl-1.007000 / t / data / signalp.positive.out 
     SignalP 3.0 Server - prediction results
        Technical University of Denmark





Using neural networks (NN) and hidden Markov models (HMM) trained on Gram-negative bacteria



>my_fasta_id



SignalP-NN result:


>my_fasta_id  length = 70

# pos  aa    C       S       Y
    1   M   0.006   0.512   0.022
    2   R   0.006   0.473   0.022
    3   I   0.006   0.324   0.020
    4   T   0.006   0.454   0.013
    5   I   0.006   0.588   0.005
    6   L   0.006   0.223   0.000
    7   A   0.006   0.339   0.000
    8   S   0.012   0.504   0.000
    9   V   0.006   0.642   0.000
   10   V   0.008   0.384   0.008
   11   I   0.007   0.212   0.012
   12   P   0.007   0.160   0.009
   13   C   0.007   0.263   0.000
   14   L   0.009   0.648   0.000
   15   G   0.006   0.594   0.016
   16   F   0.011   0.538   0.031
   17   S   0.007   0.598   0.028
   18   A   0.016   0.678   0.050
   19   S   0.026   0.717   0.075
   20   C   0.008   0.748   0.047
   21   M   0.010   0.755   0.059
   22   A   0.064   0.902   0.161
   23   A   0.916   0.225   0.678
   24   E   0.467   0.046   0.487
   25   D   0.016   0.042   0.089
   26   V   0.011   0.043   0.071
   27   M   0.007   0.048   0.053
   28   I   0.009   0.042   0.061
   29   V   0.009   0.041   0.062
   30   S   0.007   0.033   0.052
   31   A   0.007   0.026   0.052
   32   S   0.028   0.022   0.097
   33   G   0.007   0.014   0.046
   34   Y   0.043   0.010   0.107
   35   E   0.008   0.018   0.042
   36   K   0.011   0.031   0.046
   37   K   0.009   0.008   0.036
   38   L   0.009   0.015   0.029
   39   T   0.006   0.017   0.015
   40   N   0.006   0.012   0.013
   41   A   0.006   0.013   0.013
   42   A   0.008   0.004   0.014
   43   A   0.007   0.001   0.013
   44   S   0.007   0.000   0.012
   45   V   0.006   0.001   0.010
   46   S   0.006   0.000   0.009
   47   V   0.006   0.000   0.008
   48   I   0.006   0.000   0.008
   49   N   0.008   0.000   0.008
   50   Q   0.009   0.000   0.009
   51   E   0.007   0.000   0.007
   52   E   0.006   0.000   0.006
   53   L   0.006   0.000   0.005
   54   Q   0.007   0.000   0.005
   55   S   0.006   0.000   0.004
   56   S   0.007   0.000   0.003
   57   Q   0.006   0.000   0.003
   58   Y   0.006   0.000   0.001
   59   H   0.007   0.000   0.001
   60   D   0.007   0.000   0.001
   61   L   0.007   0.000   0.001
   62   A   0.007   0.000   0.001
   63   E   0.008   0.000   0.001
   64   A   0.006   0.000   0.001
   65   L   0.008   0.000   0.001
   66   R   0.006   0.000   0.001
   67   S   0.006   0.000   0.001
   68   V   0.006   0.000   0.001
   69   E   0.006   0.000   0.001
   70   G   0.007   0.000   0.001


>my_fasta_id  length = 70
# Measure  Position  Value  Cutoff  signal peptide?
  max. C    23       0.916   0.52   YES
  max. Y    23       0.678   0.33   YES
  max. S    22       0.902   0.92   NO
  mean S     1-22    0.512   0.49   YES
       D     1-22    0.595   0.44   YES
# Most likely cleavage site between pos. 22 and 23: CMA-AE



SignalP-HMM result:


>my_fasta_id
# pos  aa    C       S      n-reg   h-reg   c-reg
    1   M   0.000   1.000   1.000   0.000   0.000
    2   R   0.000   1.000   1.000   0.000   0.000
    3   I   0.000   1.000   1.000   0.000   0.000
    4   T   0.000   1.000   0.910   0.090   0.000
    5   I   0.000   1.000   0.572   0.428   0.000
    6   L   0.000   1.000   0.224   0.776   0.000
    7   A   0.000   1.000   0.011   0.989   0.000
    8   S   0.000   1.000   0.001   0.999   0.000
    9   V   0.000   1.000   0.000   1.000   0.000
   10   V   0.000   1.000   0.000   1.000   0.000
   11   I   0.000   1.000   0.000   1.000   0.000
   12   P   0.000   1.000   0.000   0.999   0.001
   13   C   0.000   1.000   0.000   0.997   0.003
   14   L   0.000   1.000   0.000   0.977   0.023
   15   G   0.000   1.000   0.000   0.849   0.151
   16   F   0.000   1.000   0.000   0.224   0.776
   17   S   0.000   1.000   0.000   0.000   1.000
   18   A   0.000   1.000   0.000   0.000   1.000
   19   S   0.000   1.000   0.000   0.000   1.000
   20   C   0.000   1.000   0.000   0.000   1.000
   21   M   0.000   1.000   0.000   0.000   1.000
   22   A   0.000   1.000   0.000   0.000   1.000
   23   A   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   24   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   25   D   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   26   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   27   M   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   28   I   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   29   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   30   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   31   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   32   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   33   G   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   34   Y   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   35   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   36   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   37   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   38   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   39   T   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   40   N   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   41   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   42   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   43   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   44   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   45   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   46   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   47   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   48   I   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   49   N   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   50   Q   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   51   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   52   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   53   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   54   Q   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   55   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   56   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   57   Q   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   58   Y   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   59   H   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   60   D   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   61   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   62   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   63   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   64   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   65   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   66   R   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   67   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   68   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   69   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   70   G   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000


>my_fasta_id
Prediction: Signal peptide
Signal peptide probability: 1.000
Max cleavage site probability: 1.000 between pos. 22 and 23