Command line: [exonerate -q exonerate_cdna.fa -t exonerate_genomic.fa --model est2genome --bestn 1]
Hostname: [fgu204.anat.ox.ac.uk]
C4 Alignment display:
Model: est2genome
Raw score: 6137
Aligned positions 3->1279 of query
Aligned positions 28->3074 of target
Query: MUSSPSYN Mouse spermidine synthase mRNA, complete cds.
Target: 4.143962167-143965267 Slice, no description
4 : GTTGTGCT-GGGGGGGTCCGCGCGCCCTGCAGTCCCGAACCCGCTACGCGCTCCGTCGGCCC : 64
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
29 : GTTGTGCTGGGGGGGGTCCGCGCGCCCTGCAGTCCCGAACCCGCTACGCGCTCCGTCGGCCC : 90
65 : GCCCGCCCGCCATGGAGCCTGGCCCCGACGGCCCAGCCGCGCCCGGCCCCGCCGCCATCCGT : 126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
91 : GCCCGCCCGCCATGGAGCCTGGCCCCGACGGCCCAGCCGCGCCCGGCCCCGCCGCCATCCGT : 152
127 : GAGGGCTGGTTCCGAGAGACCTGCAGCCTGTGGCCCGGCCAGGCCCTGTCGCTGCAAGTGGA : 188
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
153 : GAGGGCTGGTTCCGAGAGACCTGCAGCCTGTGGCCCGGCCAGGCCCTGTCGCTGCAAGTGGA : 214
189 : GCAGCTGCTTCACCACCGGCGATCGCGGTACCAAGACATCCTCGTCTTCCGCAG >>>> T : 243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||++
215 : GCAGCTGCTTCACCACCGGCGATCGCGGTACCAAGACATCCTCGTCTTCCGCAGgt...... : 271
244 : arget Intron 1 >>>> TAAAACCTACGGCAACGTGCTGGTTCTGGATGGCGTCATCC : 283
257 bp ++|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
272 : ...................agTAAAACCTACGGCAACGTGCTGGTTCTGGATGGCGTCATCC : 566
284 : AGTGTACTGAGAGGGATGAGTTCTCCTACCAGGAGATGATCGCCAACCTGCCGCTCTGCAGC : 345
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
567 : AGTGTACTGAGAGGGATGAGTTCTCCTACCAGGAGATGATCGCCAACCTGCCGCTCTGCAGC : 628
346 : CACCCCAACCCGCGGAAG >>>> Target Intron 2 >>>> GTGCTGATCATCGGG : 378
||||||||||||||||||++ 317 bp ++|||||||||||||||
629 : CACCCCAACCCGCGGAAGgt.........................agGTGCTGATCATCGGG : 978
379 : GGTGGAGATGGGGGCGTCCTACGGGAAGTGGTGAAGCACCCCTCTGTGGAGTCGGTGGTCCA : 440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
979 : GGTGGAGATGGGGGCGTCCTACGGGAAGTGGTGAAGCACCCCTCTGTGGAGTCGGTGGTCCA : 1040
441 : GTGCGAGATTGATGAG >>>> Target Intron 3 >>>> GATGTCATTGAAGTCTC : 473
||||||||||||||||++ 713 bp ++|||||||||||||||||
1041 : GTGCGAGATTGATGAGgt.........................agGATGTCATTGAAGTCTC : 1786
474 : TAAGAAGTTCCTGCCTGGCATGGCCGTTGGCTTCTCCAGCTCAAAGCTGACTCTCCACGTGG : 535
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1787 : TAAGAAGTTCCTGCCTGGCATGGCCGTTGGCTTCTCCAGCTCAAAGCTGACTCTCCACGTGG : 1848
536 : GCGATGGCTTTGAGTTCATGAAACAGAACCAAGATGCCTTTGACGTCATCATCACCGACTCC : 597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1849 : GCGATGGCTTTGAGTTCATGAAACAGAACCAAGATGCCTTTGACGTCATCATCACCGACTCC : 1910
598 : TCAGACCCCATGG >>>> Target Intron 4 >>>> GCCCTGCTGAGAGCCTCTTC : 630
|||||||||||||++ 326 bp ++||||||||||||||||||||
1911 : TCAGACCCCATGGgt.........................agGCCCTGCTGAGAGCCTCTTC : 2269
631 : AAGGAGTCCTATTACCAGCTCATGAAGACAGCACTCAAAGAAGATGGCATCCTGTGCTGCCA : 692
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2270 : AAGGAGTCCTATTACCAGCTCATGAAGACAGCACTCAAAGAAGATGGCATCCTGTGCTGCCA : 2331
693 : GGGTGAGTGCCAGTGGCTGCACCTGGACCTCATCAAGGAGATGAGGCACTTCTGCAAATCTC : 754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2332 : GGGTGAGTGCCAGTGGCTGCACCTGGACCTCATCAAGGAGATGAGGCACTTCTGCAAATCTC : 2393
755 : TCTTCCCCGTGGTGGACTACGCCTACTGTAGCATTCCTACCTATCCCAGCGGCCAGATCGGC : 816
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2394 : TCTTCCCCGTGGTGGACTACGCCTACTGTAGCATTCCTACCTATCCCAGCGGCCAGATCGGC : 2455
817 : TTCATGCTGTGTAGCAAAAACCCG >>>> Target Intron 5 >>>> AGCACCAAC : 849
||||||||||||||||||||||||++ 85 bp ++|||||||||
2456 : TTCATGCTGTGTAGCAAAAACCCGgt.........................agAGCACCAAC : 2573
850 : TTCCGGGAGCCAGTGCAGCAGTTGACACAGGCCCAGGTGGAGCAGATGCAGCTGAAATACTA : 911
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2574 : TTCCGGGAGCCAGTGCAGCAGTTGACACAGGCCCAGGTGGAGCAGATGCAGCTGAAATACTA : 2635
912 : TAACTCGGACATGCACCGTGCCGCCTTCGTACTGCCTGAGTTCACCCGGAAG >>>> Tar : 964
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||++
2636 : TAACTCGGACATGCACCGTGCCGCCTTCGTACTGCCCGAGTTCACCCGGAAGgt........ : 2690
965 : get Intron 6 >>>> GCCCTCAATGACATAAGCTGAATCCAGGTGCCACTGTGACACC : 1006
81 bp ++|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2691 : .................agGCCCTCAATGACATAAGCTGAATCCAGGTGCCACTGTGACACC : 2811
1007 : ACCCGAGACCTCAATCGGATTGGACCAAGGATCTTCCAAGTTGTCTGGGGACCACCAGTCCT : 1068
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2812 : ACCCGAGACCTCAATCGGATTGGACCAAGGATCTTCCAAGTTGTCTGGGGACCACCAGTCCT : 2873
1069 : GGACCAGACTCCCAGATGACTCTTGCCCACCAACCAAGTGTTACAGGCCCCATGATGCTGCC : 1130
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
2874 : GGACCAGACTCCCAGATGACTCTTGCCCACCAACCAAGTGTTACAGGCCCCACGATGCTGCC : 2935
1131 : TGGCCTGGCCTGGCCTGGCCTGGCCTGGCCTGCCCTGCTGGGTGGACTCAGTCTCTGTCTGT : 1192
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2936 : TGGCCTGGC----------CTGGCCTGGCCTGCCCTGCTGGGTGGACTCAGTCTCTGTCTGT : 2987
1193 : CTATCTCTGTGGCGTTCAGCCCCACGCCTATACCAGCTCTGTACAGCACCGCCTATGCCCTG : 1254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2988 : CTATCTCTGTGGCGTTCAGCCCCACGCCTATACCAGCTCTGTACAGCACCGCCTATGCCCTG : 3049
1255 : TGACCCAACAAAATACATGTGTATT : 1279
|||||||||||||||||||||||||
3050 : TGACCCAACAAAATACATGTGTATT : 3074
vulgar: MUSSPSYN 3 1279 + 4.143962167-143965267 28 3074 + 6137 M 8 8 G 0 1 M 231 231 5 0 2 I 0 253 3 0 2 M 121 121 5 0 2 I 0 313 3 0 2 M 93 93 5 0 2 I 0 709 3 0 2 M 154 154 5 0 2 I 0 322 3 0 2 M 230 230 5 0 2 I 0 81 3 0 2 M 123 123 5 0 2 I 0 77 3 0 2 M 176 176 G 10 0 M 130 130
-- completed exonerate analysis