SignalP 3.0 Server - prediction results
Technical University of Denmark

Using neural networks (NN) and hidden Markov models (HMM) trained on Gram-negative bacteria

>my_fasta_id



SignalP-NN result:


>my_fasta_id  length = 70

# pos  aa    C       S       Y
    1   M   0.006   0.019   0.006
    2   K   0.006   0.016   0.006
    3   G   0.006   0.019   0.005
    4   N   0.006   0.012   0.005
    5   K   0.006   0.011   0.003
    6   E   0.007   0.014   0.000
    7   V   0.006   0.012   0.000
    8   L   0.007   0.012   0.000
    9   E   0.006   0.001   0.000
   10   I   0.007   0.015   0.000
   11   L   0.006   0.007   0.000
   12   G   0.006   0.011   0.000
   13   E   0.007   0.010   0.000
   14   V   0.006   0.002   0.000
   15   L   0.006   0.005   0.000
   16   S   0.007   0.058   0.000
   17   A   0.023   0.023   0.000
   18   E   0.024   0.019   0.000
   19   L   0.008   0.038   0.000
   20   T   0.009   0.036   0.000
   21   A   0.011   0.038   0.000
   22   I   0.060   0.049   0.000
   23   N   0.009   0.120   0.000
   24   Q   0.028   0.058   0.000
   25   Y   0.007   0.056   0.000
   26   F   0.009   0.070   0.000
   27   I   0.012   0.040   0.008
   28   H   0.011   0.055   0.010
   29   A   0.008   0.048   0.011
   30   K   0.354   0.033   0.086
   31   M   0.006   0.039   0.012
   32   N   0.016   0.051   0.022
   33   K   0.020   0.030   0.025
   34   N   0.008   0.060   0.017
   35   W   0.007   0.031   0.017
   36   G   0.007   0.021   0.017
   37   F   0.009   0.017   0.019
   38   K   0.007   0.026   0.017
   39   K   0.007   0.030   0.017
   40   L   0.006   0.033   0.015
   41   A   0.007   0.002   0.017
   42   D   0.008   0.001   0.017
   43   F   0.006   0.001   0.014
   44   M   0.006   0.001   0.014
   45   K   0.006   0.001   0.013
   46   R   0.006   0.000   0.012
   47   E   0.006   0.000   0.011
   48   S   0.006   0.000   0.011
   49   I   0.006   0.000   0.010
   50   D   0.007   0.000   0.010
   51   E   0.007   0.000   0.009
   52   M   0.006   0.000   0.007
   53   K   0.006   0.000   0.007
   54   H   0.006   0.000   0.006
   55   A   0.007   0.000   0.005
   56   D   0.010   0.000   0.005
   57   E   0.006   0.000   0.002
   58   V   0.007   0.000   0.001
   59   I   0.007   0.000   0.001
   60   D   0.006   0.000   0.001
   61   R   0.006   0.000   0.001
   62   I   0.006   0.000   0.000
   63   L   0.006   0.000   0.000
   64   Y   0.006   0.000   0.000
   65   L   0.006   0.000   0.000
   66   D   0.006   0.000   0.000
   67   G   0.006   0.000   0.000
   68   V   0.006   0.000   0.000
   69   P   0.006   0.000   0.000
   70   D   0.006   0.000   0.000


>my_fasta_id  length = 70
# Measure  Position  Value  Cutoff  signal peptide?
  max. C    30       0.354   0.52   NO
  max. Y    30       0.086   0.33   NO
  max. S    23       0.120   0.92   NO
  mean S     1-29    0.030   0.49   NO
       D     1-29    0.058   0.44   NO



SignalP-HMM result:


>my_fasta_id
# pos  aa    C       S      n-reg   h-reg   c-reg
    1   M   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
    2   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
    3   G   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
    4   N   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
    5   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
    6   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
    7   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
    8   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
    9   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   10   I   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   11   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   12   G   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   13   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   14   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   15   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   16   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   17   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   18   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   19   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   20   T   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   21   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   22   I   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   23   N   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   24   Q   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   25   Y   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   26   F   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   27   I   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   28   H   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   29   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   30   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   31   M   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   32   N   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   33   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   34   N   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   35   W   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   36   G   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   37   F   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   38   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   39   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   40   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   41   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   42   D   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   43   F   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   44   M   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   45   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   46   R   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   47   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   48   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   49   I   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   50   D   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   51   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   52   M   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   53   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   54   H   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   55   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   56   D   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   57   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   58   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   59   I   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   60   D   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   61   R   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   62   I   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   63   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   64   Y   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   65   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   66   D   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   67   G   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   68   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   69   P   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   70   D   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000


>my_fasta_id
Prediction: Non-secretory protein
Signal peptide probability: 0.000
Max cleavage site probability: 0.000 between pos. -1 and  0