C4 Alignment display:
  Model: est2genome
  Raw score: 1615
  Aligned positions 65->416 of query
  Aligned positions 0->939 of target

Query: ln27 
Target: Contig124

  66 : GTGATGTAGGAAAGAAGCCGGCTGGGACTGGCGCGGTGATATCGACGTGA : 115
       |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
   1 : GTGATGTAGGAAAGAAACCGGCTGGGACTGGCGCGGTGATATCGACGTGA :  50

 116 : TTGTTCATGCTGCCGCTAGGCTGGGAGTCTTCAAGGCGACAGGCATCGCT : 165
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  51 : TTGTTCATGCTGCCGCTAGGCTGGGAGTCTTCAAGGCGACAGGCATCGCT : 100

 166 : GCAATAAGTGTCTCGTGGATTGTC  <<<< Intron 1 <<<<  CAAT : 193
       ||||||||||||||||||||||||         53 bp        ||||
 101 : GCAATAAGTGTCTCGTGGATTGTCct..................acCAAT : 181

 194 : TGTTTAGAGCAAGCCAAACACCAAGCAGTATCCATACCCATATCAATCAT : 243
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182 : TGTTTAGAGCAAGCCAAACACCAAGCAGTATCCATACCCATATCAATCAT : 231

 244 : AGTCATTTTGAGCGGTATTGTGTCGGGCCAAGAGTGATTGTAGATGTAGA : 293
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232 : AGTCATTTTGAGCGGTATTGTGTCGGGCCAAGAGTGATTGTAGATGTAGA : 281

 294 : AGGGTAAAGAAAACGGGGCTGTTACAAGACAAAGGAGAAGAGAGTCGTCC : 343
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282 : AGGGTAAAGAAAACGGGGCTGTTACAAGACAAAGGAGAAGAGAGTCGTCC : 331

 344 : GAGGGAGTTAGTGATGGGGAGAGTCGAAATGC  <<<< Intron 2 << : 375
       ||||||||||||||||||||||||||||||||        535 bp    
 332 : GAGGGAGTTAGTGATGGGGAGAGTCGAAATGCct................ : 898

 376 : <<  CTACACCAGGCTGCAATATTCTCGCCTATAATTCTGCGCTT : 416
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 899 : ..acCTACACCAGGCTGCAATATTCTCGCCTATAATTCTGCGCTT : 939

cigar: ln27 65 416 - Contig124 0 939 + 1615 M 124 D 53 M 186 D 535 M 41
C4 Alignment display:
  Model: est2genome
  Raw score: 1152
  Aligned positions 385->644 of query
  Aligned positions 900->1296 of target

Query: ln74
Target: Contig275

  386 : CTTGGGGTCCTTCTCCGATTCACTGCTTCCACCGCTGCTGCCGC  <<<< :  429
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
  901 : CTTGGGGTCCTTCTCCGATTCACTGCTTCCACCGCTGCTGCCGCct.... :  997

  430 :  Intron 1 <<<<  ACTTTTGCAAAATGAAGACATTTTCCCTCTTACC :  463
           53 bp        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
  998 : ..............acACTTTTGCAAAATGAAGACATTTTCCCTCTTACC : 1031

  464 : ACCCCACTTTTCCAAGGCGTCCTTGACGCTCTTACTGTTTTTGTACATTT :  513
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1032 : ACCCCACTTTTCCAAGGCGTCCTTGACGCTCTTACTGTTTTTGTACATTT : 1081

  514 : GAGCACAATCAATGTAGGTGTACCCGGTCTTCAAGGCTGAGACGAGATGC :  563
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1082 : GAGCACAATCAATGTAGGTGTACCCGGTCTTCAAGGCTGAGACGAGATGC : 1131

  564 : TCAACGCATTCCTTGCCGTAGTGGGTGGTGC  <<<< Intron 2 <<< :  594
        |||||||||||||||||||||||||||||||         84 bp     
 1132 : TCAACGCATTCCTTGCCGTAGTGGGTGGTGCct................. : 1246

  595 : <  CAAGACCAAACCCAATTTTGGGGATCTTGACACCATCATTGAGAGTT :  641
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1247 : .acCAAGACCAAACCCAATTTTGGGGATCTTGACACCATCATTGAGAGTT : 1293

  642 : ATG :  644
        |||
 1294 : ATG : 1296

cigar: ln74 385 644 - Contig275 900 1296 + 1152 M 44 D 53 M 165 D 84 M 50