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Bio-Chado-Schema-0.04300

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Repository http://github.com/rbuels/Bio-Chado-Schema
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Build.PL
Changes
LICENSE
MANIFEST
META.yml
Makefile.PL
README

Modules

Bio::Chado::Schema standard DBIx::Class layer for the Chado database schema     0.04300
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLine      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineCvterm      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineCvtermprop      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineDbxref      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineFeature      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineLibrary      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLinePub      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineRelationship      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineSynonym      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineprop      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLinepropPub      
Bio::Chado::Schema::Companalysis::Analysis      
Bio::Chado::Schema::Companalysis::Analysisfeature      
Bio::Chado::Schema::Companalysis::Analysisprop      
Bio::Chado::Schema::Composite::AllFeatureNames      
Bio::Chado::Schema::Composite::Dfeatureloc      
Bio::Chado::Schema::Composite::FLoc      
Bio::Chado::Schema::Composite::FType      
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureContains      
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureDifference      
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureDisjoint      
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureDistance      
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureIntersection      
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureMeets      
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureMeetsOnSameStrand      
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureUnion      
Bio::Chado::Schema::Composite::FeaturesetMeets      
Bio::Chado::Schema::Composite::FnrType      
Bio::Chado::Schema::Composite::FpKey      
Bio::Chado::Schema::Composite::Gff3atts      
Bio::Chado::Schema::Composite::Gff3view      
Bio::Chado::Schema::Composite::Gffatts      
Bio::Chado::Schema::Contact::Contact      
Bio::Chado::Schema::Contact::ContactRelationship      
Bio::Chado::Schema::Cv::CommonAncestorCvterm      
Bio::Chado::Schema::Cv::CommonDescendantCvterm      
Bio::Chado::Schema::Cv::Cv      
Bio::Chado::Schema::Cv::CvCvtermCount      
Bio::Chado::Schema::Cv::CvCvtermCountWithObs      
Bio::Chado::Schema::Cv::CvLeaf      
Bio::Chado::Schema::Cv::CvLinkCount      
Bio::Chado::Schema::Cv::CvPathCount      
Bio::Chado::Schema::Cv::CvRoot      
Bio::Chado::Schema::Cv::Cvterm      
Bio::Chado::Schema::Cv::CvtermDbxref      
Bio::Chado::Schema::Cv::CvtermRelationship      
Bio::Chado::Schema::Cv::Cvtermpath      
Bio::Chado::Schema::Cv::Cvtermprop      
Bio::Chado::Schema::Cv::Cvtermsynonym      
Bio::Chado::Schema::Cv::Dbxrefprop      
Bio::Chado::Schema::Cv::StatsPathsToRoot      
Bio::Chado::Schema::Expression::Eimage      
Bio::Chado::Schema::Expression::Expression      
Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionCvterm      
Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionCvtermprop      
Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionImage      
Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionPub      
Bio::Chado::Schema::Expression::Expressionprop      
Bio::Chado::Schema::Expression::FeatureExpression      
Bio::Chado::Schema::Expression::FeatureExpressionprop      
Bio::Chado::Schema::General::Db      
Bio::Chado::Schema::General::DbDbxrefCount      
Bio::Chado::Schema::General::Dbxref      
Bio::Chado::Schema::General::Project      
Bio::Chado::Schema::General::Tableinfo      
Bio::Chado::Schema::Genetic::Environment      
Bio::Chado::Schema::Genetic::EnvironmentCvterm      
Bio::Chado::Schema::Genetic::FeatureGenotype      
Bio::Chado::Schema::Genetic::Genotype      
Bio::Chado::Schema::Genetic::Phendesc      
Bio::Chado::Schema::Genetic::PhenotypeComparison      
Bio::Chado::Schema::Genetic::PhenotypeComparisonCvterm      
Bio::Chado::Schema::Genetic::Phenstatement      
Bio::Chado::Schema::Library::Library      
Bio::Chado::Schema::Library::LibraryCvterm      
Bio::Chado::Schema::Library::LibraryDbxref      
Bio::Chado::Schema::Library::LibraryFeature      
Bio::Chado::Schema::Library::LibraryPub      
Bio::Chado::Schema::Library::LibrarySynonym      
Bio::Chado::Schema::Library::Libraryprop      
Bio::Chado::Schema::Library::LibrarypropPub      
Bio::Chado::Schema::Mage::Acquisition      
Bio::Chado::Schema::Mage::AcquisitionRelationship      
Bio::Chado::Schema::Mage::Acquisitionprop      
Bio::Chado::Schema::Mage::Arraydesign      
Bio::Chado::Schema::Mage::Arraydesignprop      
Bio::Chado::Schema::Mage::Assay      
Bio::Chado::Schema::Mage::AssayBiomaterial      
Bio::Chado::Schema::Mage::AssayProject      
Bio::Chado::Schema::Mage::Assayprop      
Bio::Chado::Schema::Mage::Biomaterial      
Bio::Chado::Schema::Mage::BiomaterialDbxref      
Bio::Chado::Schema::Mage::BiomaterialRelationship      
Bio::Chado::Schema::Mage::BiomaterialTreatment      
Bio::Chado::Schema::Mage::Biomaterialprop      
Bio::Chado::Schema::Mage::Channel      
Bio::Chado::Schema::Mage::Control      
Bio::Chado::Schema::Mage::Element      
Bio::Chado::Schema::Mage::ElementRelationship      
Bio::Chado::Schema::Mage::Elementresult      
Bio::Chado::Schema::Mage::ElementresultRelationship      
Bio::Chado::Schema::Mage::Magedocumentation      
Bio::Chado::Schema::Mage::Mageml      
Bio::Chado::Schema::Mage::Protocol      
Bio::Chado::Schema::Mage::Protocolparam      
Bio::Chado::Schema::Mage::Quantification      
Bio::Chado::Schema::Mage::QuantificationRelationship      
Bio::Chado::Schema::Mage::Quantificationprop      
Bio::Chado::Schema::Mage::Study      
Bio::Chado::Schema::Mage::StudyAssay      
Bio::Chado::Schema::Mage::Studydesign      
Bio::Chado::Schema::Mage::Studydesignprop      
Bio::Chado::Schema::Mage::Studyfactor      
Bio::Chado::Schema::Mage::Studyfactorvalue      
Bio::Chado::Schema::Mage::Studyprop      
Bio::Chado::Schema::Mage::StudypropFeature      
Bio::Chado::Schema::Mage::Treatment      
Bio::Chado::Schema::Map::Featuremap      
Bio::Chado::Schema::Map::FeaturemapPub      
Bio::Chado::Schema::Map::Featurepos      
Bio::Chado::Schema::Map::Featurerange      
Bio::Chado::Schema::Organism::Organism      
Bio::Chado::Schema::Organism::OrganismDbxref      
Bio::Chado::Schema::Organism::Organismprop      
Bio::Chado::Schema::Phenotype::FeaturePhenotype      
Bio::Chado::Schema::Phenotype::Phenotype      
Bio::Chado::Schema::Phenotype::PhenotypeCvterm      
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::Phylonode      
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodeDbxref      
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodeOrganism      
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodePub      
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodeRelationship      
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::Phylonodeprop      
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::Phylotree      
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylotreePub      
Bio::Chado::Schema::Pub::Pub      
Bio::Chado::Schema::Pub::PubDbxref      
Bio::Chado::Schema::Pub::PubRelationship      
Bio::Chado::Schema::Pub::Pubauthor      
Bio::Chado::Schema::Pub::Pubprop      
Bio::Chado::Schema::Sequence::Cvtermsynonym      
Bio::Chado::Schema::Sequence::Feature      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvterm      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvtermDbxref      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvtermPub      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvtermprop      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureDbxref      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturePub      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturePubprop      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationship      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationshipPub      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationshipprop      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationshippropPub      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureSynonym      
Bio::Chado::Schema::Sequence::Featureloc      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturelocPub      
Bio::Chado::Schema::Sequence::Featureprop      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturepropPub      
Bio::Chado::Schema::Sequence::Synonym      
Bio::Chado::Schema::Sequence::TypeFeatureCount      
Bio::Chado::Schema::Stock::Stock      
Bio::Chado::Schema::Stock::StockCvterm      
Bio::Chado::Schema::Stock::StockDbxref      
Bio::Chado::Schema::Stock::StockGenotype      
Bio::Chado::Schema::Stock::StockPub      
Bio::Chado::Schema::Stock::StockRelationship      
Bio::Chado::Schema::Stock::StockRelationshipPub      
Bio::Chado::Schema::Stock::Stockcollection      
Bio::Chado::Schema::Stock::StockcollectionStock      
Bio::Chado::Schema::Stock::Stockcollectionprop      
Bio::Chado::Schema::Stock::Stockprop      
Bio::Chado::Schema::Stock::StockpropPub      
Bio::Chado::Schema::Util utility functions shared by Bio::Chado::Schema objects      

Documentation

update_dbic_dump.pl script to sync the DBIx::Class object layer with the current set of chado tables  

Other Files

doc/slides/intro/slides/start.html
doc/slides/intro/slides/template/s5/s5.html
doc/slides/intro/slides/template/s5/slide.html
doc/slides/intro/template/tt2/bottom.html
doc/slides/intro/template/tt2/index.html
doc/slides/intro/template/tt2/slide.html
doc/slides/intro/template/tt2/start.html
doc/slides/intro/template/tt2/top.html