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Bio-Chado-Schema-0.06200

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Modules

Bio::Chado::Schema standard DBIx::Class layer for the Chado database schema     0.06200
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLine      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineCvterm      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineCvtermprop      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineDbxref      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineFeature      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineLibrary      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLinePub      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineRelationship      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineSynonym      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineprop      
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLinepropPub      
Bio::Chado::Schema::Companalysis::Analysis      
Bio::Chado::Schema::Companalysis::Analysisfeature      
Bio::Chado::Schema::Companalysis::Analysisfeatureprop      
Bio::Chado::Schema::Companalysis::Analysisprop      
Bio::Chado::Schema::Composite::AllFeatureNames      
Bio::Chado::Schema::Composite::Dfeatureloc      
Bio::Chado::Schema::Composite::FLoc      
Bio::Chado::Schema::Composite::FType      
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureContains      
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureDifference      
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureDisjoint featurelocs do not meet. symmetric      
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureDistance      
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureIntersection      
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureMeets      
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureMeetsOnSameStrand      
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureUnion      
Bio::Chado::Schema::Composite::FeaturesetMeets      
Bio::Chado::Schema::Composite::FnrType      
Bio::Chado::Schema::Composite::FpKey      
Bio::Chado::Schema::Composite::Gff3atts      
Bio::Chado::Schema::Composite::Gff3view      
Bio::Chado::Schema::Composite::Gffatts      
Bio::Chado::Schema::Contact::Contact Model persons, institutes, groups, organizations, etc.      
Bio::Chado::Schema::Contact::ContactRelationship Model relationships between contacts      
Bio::Chado::Schema::Cv::CommonAncestorCvterm      
Bio::Chado::Schema::Cv::CommonDescendantCvterm      
Bio::Chado::Schema::Cv::Cv      
Bio::Chado::Schema::Cv::CvCvtermCount per-cv terms counts (excludes obsoletes)      
Bio::Chado::Schema::Cv::CvCvtermCountWithObs per-cv terms counts (includes obsoletes)      
Bio::Chado::Schema::Cv::CvLeaf      
Bio::Chado::Schema::Cv::CvLinkCount      
Bio::Chado::Schema::Cv::CvPathCount      
Bio::Chado::Schema::Cv::CvRoot      
Bio::Chado::Schema::Cv::Cvterm      
Bio::Chado::Schema::Cv::Cvterm::ResultSet      
Bio::Chado::Schema::Cv::CvtermDbxref      
Bio::Chado::Schema::Cv::CvtermRelationship      
Bio::Chado::Schema::Cv::Cvtermpath      
Bio::Chado::Schema::Cv::Cvtermprop      
Bio::Chado::Schema::Cv::Cvtermsynonym      
Bio::Chado::Schema::Cv::Dbxrefprop      
Bio::Chado::Schema::Cv::StatsPathsToRoot      
Bio::Chado::Schema::Expression::Eimage      
Bio::Chado::Schema::Expression::Expression The expression table is essentially a bridge table.      
Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionCvterm      
Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionCvtermprop      
Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionImage      
Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionPub      
Bio::Chado::Schema::Expression::Expressionprop      
Bio::Chado::Schema::Expression::FeatureExpression      
Bio::Chado::Schema::Expression::FeatureExpressionprop      
Bio::Chado::Schema::General::Db      
Bio::Chado::Schema::General::DbDbxrefCount per-db dbxref counts      
Bio::Chado::Schema::General::Dbxref      
Bio::Chado::Schema::General::Tableinfo      
Bio::Chado::Schema::Genetic::Environment The environmental component of a phenotype description.      
Bio::Chado::Schema::Genetic::EnvironmentCvterm      
Bio::Chado::Schema::Genetic::FeatureGenotype      
Bio::Chado::Schema::Genetic::Genotype      
Bio::Chado::Schema::Genetic::Phendesc      
Bio::Chado::Schema::Genetic::PhenotypeComparison      
Bio::Chado::Schema::Genetic::PhenotypeComparisonCvterm      
Bio::Chado::Schema::Genetic::Phenstatement      
Bio::Chado::Schema::Library::Library      
Bio::Chado::Schema::Library::LibraryCvterm      
Bio::Chado::Schema::Library::LibraryDbxref      
Bio::Chado::Schema::Library::LibraryFeature      
Bio::Chado::Schema::Library::LibraryPub      
Bio::Chado::Schema::Library::LibrarySynonym      
Bio::Chado::Schema::Library::Libraryprop      
Bio::Chado::Schema::Library::LibrarypropPub      
Bio::Chado::Schema::Mage::Acquisition      
Bio::Chado::Schema::Mage::AcquisitionRelationship      
Bio::Chado::Schema::Mage::Acquisitionprop Parameters associated with image acquisition.      
Bio::Chado::Schema::Mage::Arraydesign      
Bio::Chado::Schema::Mage::Arraydesignprop      
Bio::Chado::Schema::Mage::Assay      
Bio::Chado::Schema::Mage::AssayBiomaterial      
Bio::Chado::Schema::Mage::AssayProject Link assays to projects.      
Bio::Chado::Schema::Mage::Assayprop Extra assay properties that are not accounted for in assay.      
Bio::Chado::Schema::Mage::Biomaterial      
Bio::Chado::Schema::Mage::BiomaterialDbxref      
Bio::Chado::Schema::Mage::BiomaterialRelationship      
Bio::Chado::Schema::Mage::BiomaterialTreatment      
Bio::Chado::Schema::Mage::Biomaterialprop      
Bio::Chado::Schema::Mage::Channel      
Bio::Chado::Schema::Mage::Control      
Bio::Chado::Schema::Mage::Element      
Bio::Chado::Schema::Mage::ElementRelationship      
Bio::Chado::Schema::Mage::Elementresult      
Bio::Chado::Schema::Mage::ElementresultRelationship      
Bio::Chado::Schema::Mage::Magedocumentation      
Bio::Chado::Schema::Mage::Mageml      
Bio::Chado::Schema::Mage::Protocol Procedural notes on how data was prepared and processed.      
Bio::Chado::Schema::Mage::Protocolparam      
Bio::Chado::Schema::Mage::Quantification      
Bio::Chado::Schema::Mage::QuantificationRelationship      
Bio::Chado::Schema::Mage::Quantificationprop      
Bio::Chado::Schema::Mage::Study      
Bio::Chado::Schema::Mage::StudyAssay      
Bio::Chado::Schema::Mage::Studydesign      
Bio::Chado::Schema::Mage::Studydesignprop      
Bio::Chado::Schema::Mage::Studyfactor      
Bio::Chado::Schema::Mage::Studyfactorvalue      
Bio::Chado::Schema::Mage::Studyprop      
Bio::Chado::Schema::Mage::StudypropFeature      
Bio::Chado::Schema::Mage::Treatment      
Bio::Chado::Schema::Map::Featuremap      
Bio::Chado::Schema::Map::FeaturemapPub      
Bio::Chado::Schema::Map::Featurepos      
Bio::Chado::Schema::Map::Featurerange      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperiment      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentContact      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentDbxref Cross-reference experiment to accessions, images, etc      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentGenotype      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentPhenotype      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentProject      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentProtocol Linking table: experiments to the protocols they involve.      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentPub Linking nd_experiment(s) to publication(s)      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentStock      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentStockDbxref Cross-reference experiment_stock to accessions, images, etc      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentStockprop      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentprop      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdGeolocation      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdGeolocationprop      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdProtocol      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdProtocolReagent      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdProtocolprop Property/value associations for protocol.      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdReagent      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdReagentRelationship      
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdReagentprop      
Bio::Chado::Schema::Organism::Organism      
Bio::Chado::Schema::Organism::OrganismDbxref      
Bio::Chado::Schema::Organism::Organismprop Tag-value properties - follows standard chado model.      
Bio::Chado::Schema::Phenotype::FeaturePhenotype      
Bio::Chado::Schema::Phenotype::Phenotype      
Bio::Chado::Schema::Phenotype::PhenotypeCvterm      
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::Phylonode      
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodeDbxref      
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodeOrganism      
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodePub      
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodeRelationship      
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::Phylonodeprop      
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::Phylotree Global anchor for phylogenetic tree.      
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylotreePub      
Bio::Chado::Schema::Project::Project      
Bio::Chado::Schema::Project::ProjectContact Linking project(s) to contact(s)      
Bio::Chado::Schema::Project::ProjectPub Linking project(s) to publication(s)      
Bio::Chado::Schema::Project::ProjectRelationship A project can be composed of several smaller scale projects      
Bio::Chado::Schema::Project::Projectprop      
Bio::Chado::Schema::Pub::Pub      
Bio::Chado::Schema::Pub::PubDbxref      
Bio::Chado::Schema::Pub::PubRelationship      
Bio::Chado::Schema::Pub::Pubauthor      
Bio::Chado::Schema::Pub::Pubprop      
Bio::Chado::Schema::Sequence::Cvtermsynonym      
Bio::Chado::Schema::Sequence::Feature      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvterm      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvtermDbxref      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvtermPub      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvtermprop      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureDbxref      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturePub      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturePubprop Property or attribute of a feature_pub link.      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationship      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationshipPub      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationshipprop      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationshippropPub Provenance for feature_relationshipprop.      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureSynonym Linking table between feature and synonym.      
Bio::Chado::Schema::Sequence::Featureloc      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturelocPub      
Bio::Chado::Schema::Sequence::Featureprop      
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturepropPub      
Bio::Chado::Schema::Sequence::IntronCombinedView      
Bio::Chado::Schema::Sequence::IntronlocView      
Bio::Chado::Schema::Sequence::ProteinCodingGene      
Bio::Chado::Schema::Sequence::Synonym      
Bio::Chado::Schema::Sequence::TypeFeatureCount per-feature-type feature counts      
Bio::Chado::Schema::Stock::Stock      
Bio::Chado::Schema::Stock::StockCvterm      
Bio::Chado::Schema::Stock::StockDbxref      
Bio::Chado::Schema::Stock::StockGenotype      
Bio::Chado::Schema::Stock::StockPub      
Bio::Chado::Schema::Stock::StockRelationship      
Bio::Chado::Schema::Stock::StockRelationshipCvterm      
Bio::Chado::Schema::Stock::StockRelationshipPub      
Bio::Chado::Schema::Stock::Stockcollection      
Bio::Chado::Schema::Stock::StockcollectionStock      
Bio::Chado::Schema::Stock::Stockcollectionprop      
Bio::Chado::Schema::Stock::Stockprop      
Bio::Chado::Schema::Stock::StockpropPub      
Bio::Chado::Schema::Util utility functions shared by Bio::Chado::Schema objects      

Documentation

Bio::Chado::Schema::CellLine For describing cell lines  
Bio::Chado::Schema::Companalysis Augments sequence module with descriptions of computational analyses and features resulting from those analyses  
Bio::Chado::Schema::Composite A collection of bridge codes that have multiple dependancies so they don't happily go where is most obvious  
Bio::Chado::Schema::Contact model persons, institutes, groups, organizations, etc  
Bio::Chado::Schema::Cv Controlled vocabularies and ontologies  
Bio::Chado::Schema::Expression transcript or protein expression data  
Bio::Chado::Schema::General General purpose tables, including dbxrefs  
Bio::Chado::Schema::Genetic Genotypes and mutant alleles  
Bio::Chado::Schema::Library For describing molecular libraries  
Bio::Chado::Schema::Mage Alternative expression module, based on MAGE model  
Bio::Chado::Schema::Map Non-sequence maps: genetic, radiation hybrid, cytogenetic, etc  
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity Natural diversity module for dealing with populations, samples, genotypes, phenotypes and results of other assays.  
Bio::Chado::Schema::Organism Species data - does not include phylogeny  
Bio::Chado::Schema::Phenotype Entity-attribute-value phenotypic character descriptions  
Bio::Chado::Schema::Phylogeny For representing phylogenetic trees; the trees represent the phylogeny of some some kind of sequence feature (mainly proteins) or actual organism taxonomy trees  
Bio::Chado::Schema::Project The project table has been moved from general to its own module and has been expanded to provide properties, publications and contacts.  
Bio::Chado::Schema::Pub Bibliographic data on publications  
Bio::Chado::Schema::Sequence Sequence and sequence features, their localization and properties  
Bio::Chado::Schema::Stock For tracking stock collections  
update_dbic_dump.pl developer-only maintenance script to sync this DBIx::Class object layer with the latest upstream version of Chado  

Other Files

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doc/slides/dbic_intro/slides/template/s5/slide.html
doc/slides/dbic_intro/template/tt2/bottom.html
doc/slides/dbic_intro/template/tt2/index.html
doc/slides/dbic_intro/template/tt2/slide.html
doc/slides/dbic_intro/template/tt2/start.html
doc/slides/dbic_intro/template/tt2/top.html
doc/slides/intro/slides/start.html
doc/slides/intro/slides/template/s5/s5.html
doc/slides/intro/slides/template/s5/slide.html
doc/slides/intro/template/tt2/bottom.html
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